Film pokazuje jak w pozornie sztywnych ramach prawosławnego klasztoru można stworzyć świat pełen życia, piękna i artystycznej ekspresji. Sonia, młoda zakonnica, w nocy maluje ikony, a potem śpi do południa; ma psa, koty, egzotyczne ptaki oraz ciało, które zbuntowało się przeciwko surowemu mniszemu rygorowi. Próbując zrozumieć naturę bohaterki i sens jej życiowych wyborów, docieramy do rodziny Soni, naznaczonej trudną historią Rosji. Jednocześnie film jest podróżą do wnętrza prawosławnego kościoła, która pokazuje odradzanie się głębokiej duchowości narodu.
"Gdzie jest Sonia?" opowiada o niezwykłej kobiecie próbującej w murach cerkwi odbudować wartości, jakie rosyjskie społeczeństwo utraciło pod rządami kolejnych politycznych reżimów.

"Tacy śmieszni. A i tak wszyscy umrą!" - mówi o tych, co gonią za doczesnymi dobrami młoda mniszka z prawosławnego klasztoru w Iwanowie. Sonia żyje inaczej niż jej zakonne koleżanki: oprócz pracy i modlitwy, swój czas wypełnia wielką pasją, jaką jest malowanie ikon. Otoczona zwierzętami, z dala od rodziny i wielkich wydarzeń, ta barwna osoba może sprawiać wrażenie straconej dla świata. Lecz choć Sonia wybrała życie niełatwe i wymagające ciągłej pracy nad sobą, uważa się za prawdziwie wolną i spełnioną.